Разобрался сам. http://wiki.mikrotik.com/wiki/RouterBOA ... er_upgrade подключаемся через гипертерминал, выбираем update firmware, выбираем serial port, в гипертерминале есть возможность отправлять файлы по протоколу Xmodem, подсовываем файл загрузчика. Он заливается. Перезапускаем роутер и всё функционирует нормально.
Всем спасибо за помощь и консультации.
